Varios cientos de estudiantes toman la decisión de estudiar química a nivel universitario cada año. La mayoría de estos entran en este mundo con un vacío enorme a nivel orgánico que puede ser suplido por el uso de grandes herramientas de tratamiento de información química, como es ChemDraw. Los estudios previos a los universitarios podrían verse enormemente reforzados con esta interfaz, facilitando de esta forma el posterior entendimiento de la química universitaria. A continuación, se tratarán los aspectos básicos que pueden enseñarse en estudios previos universitarios.

Estructura molecular, conformación y configuración estructural

Uno de los primeros pasos en el entendimiento de la formulación química reside en saber distinguir conformación de configuración estructural, siendo necesario en el primer caso distintas orientaciones de los…

En esta noticia realizaremos una simulación sobre como dibujar proyecciones de Newman en ChemDraw, utilizaremos etano como ejemplo. Los puntos a seguir serán:

  • Dibujar una molécula de metano
  • Duplicaremos la estructura del metano y estableceremos una unión entre ambos
  • Utilizaremos la herramienta “orbital” para dibujar el círculo de la proyección de Newman
  • Rotaremos uno de los metanos sobre sí mismo 180˚
  • Analizaremos por completo la proyección de Newman

Dibujo de una molécula de metano

Para dibujar una molécula de etano en proyección de Newman será preciso dibujar un metano en el frente y otro en el fondo, respectivamente. Para ello es tan sencillo como usar el comando “enlace sólido” para introducir el primer enlace simple y, a partir de ahí, dibujar la siguiente estructura:

Pasos para dibujar la estructura de un metano (mitad del etano)
Pasos para dibujar la estructura de un metano (mitad del…

La combinación de las funcionalidades de ChemDraw y ChemFinder permite crear bibliotecas combinatorias con predicción de propiedades. En esta noticia se abordarán las siguientes funciones:

  • Expansión de estructuras genéricas en ChemDraw
  • Exportación de una lista de estructuras expandidas a un SDFile
  • Importación de SDFile en ChemFinder, uso como base de datos química
  • Predicción de propiedades y asignación de nombres para cada estructura mediante ChemFinder
  • Importación de SDFile en ChemDraw Excel
  • Creación de estructuras genéricas
  • Predecir propiedades y asignar nombres mediante ChemDraw Excel

Expansión de estructuras genéricas en ChemDraw

Comenzamos con una estructura genérica simple dibujada en ChemDraw, la cual expandimos para ver sus doce combinaciones.

Estructura genérica sin expandir
Estructura genérica sin expandir

Nuestro objetivo será crear una base de datos…

Estructura de Dinemicina A con todos los hidrógenos visibles

Este software de última generación está diseñado para el modelado molecular de estructuras químicas o biológicas de cualquier tamaño. De todas las ciencias naturales, el programa está específicamente recomendado para investigadores químicos y biológicos a cualquier nivel. Los complejos ligando-proteína 3D y las estructuras de ADN se pueden visualizar utilizando gráficos GL abiertos y hardware estéreo. Los enlaces de hidrógeno y las superficies parciales se pueden mostrar y analizar. El software ayuda a construir moléculas pequeñas utilizando la interfaz ChemDraw, al mismo tiempo que muestra la estructura en 3D. También facilita de manera efectiva los cálculos de modelado molecular básico como la alineación, muestreo conformacional estocástico, comprobador diedro, experimentos MM2 y mecánica cuántica molecular MMFF94. Este software es muy…

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