ELECTRONIC LAB NOTEBOOKS (ELN) se ha convertido en un portal utilizado como laboratorio electrónico por químicos medicinales, esto es debido a que tener acceso directo a las bases de datos de reacción en ELN les permite ahorrar tiempo siendo capaces de optimizar sus reacciones e investigaciones químicas.

La siguiente figura muestra un ejemplo de cómo los químicos medicinales pueden beneficiarse de la integración de las búsquedas de datos de reacción y sustancias con la planificación de síntesis y la obtención de información de sustancias químicas. Los usuarios de E-Notebook, que busquen además datos químicos externos relevantes, pueden plantear consultas en E-Notebook e inspeccionar inmediatamente los resultados de los datos de la literatura en Reaxys. Puede, a su vez, dibujarse una estructura química o una reacción y se pueden usar parámetros de búsqueda adicionales, a saber, tipo de reacción, material de partida, rendimiento de reacción y otras propiedades experimentales relacionadas. Una vez que se identifican los compuestos químicos y sus vías de reacción, los científicos pueden enviar los datos obtenidos a su E-Notebook. Esta integración ayuda a los científicos a:

  • Acceder fácilmente a los datos de reacción y sustancia,
  • Evaluar / optimizar rutas sintéticas alternativas,
  • Exportar y compartir datos validados experimentalmente.
Figura 1. Flujo de planificación de trabajo de síntesis, con un ELN funcionando como base de conocimiento en reacciones químicas. Además, se puede buscar en las bases de datos en línea reacciones y condiciones específicas de reacción, pero se requiere la transcripción manual de estos valores a la base de datos ELN.

 

Sobre Reaxys

Reaxys de Elsevier es una base de datos en línea que contiene una gran cantidad de reacciones químicas, datos de patentes y propiedades fisicoquímicas.

Reaxys es una solución de flujo de trabajo en química basada en la web que ayuda a los investigadores a buscar reacciones químicas y apoya la investigación de nuevos procesos de síntesis, fomentando la búsqueda de datos y sustancias con planificación a una futura síntesis y abastecimiento de sustancias químicas. Los investigadores ahorran tiempo al optimizar o crear nuevos caminos de reacción química, así como buscan nuevas rutas óptimas de reacción.

Una cantidad de datos incomparable (revistas y patentes que presentan publicaciones desde 1771 hasta la fecha actual) y sofisticados algoritmos de clasificación, así como la facilidad de uso de su interfaz, se combinan para garantizar resultados relevantes. Reaxys combina información de Beilstein, Gemlins Handbook para química inorgánica y patentes que cubre 400 revistas, con ejemplos de títulos que incluyen “Advanced Synthesis and Catalysis”, “Journal of American Chemical Society”, “Journal of Organometallic Chemistry” y “Synlett and Tetrahedron”.

Las patentes en Reaxys provienen de la “International Patent Classes”, “C07 Organic Chemistry”, “A61K and secondary IPC C07 [Medicina, dental, preparatoria cosmética]”, C09B se extraen de patentes inglesas por IPC y son expresadas por PCT (WIPO) europeo (EPO) y USPTO patentes oficiales.

Reaxys / E-Notebook – Tecnología

E-Notebook ofrece opciones de configuración extremadamente flexibles, que permiten el soporte de una amplia gama de flujos de trabajo científicos. ChemDraw está completamente integrado dentro de E-Notebook, lo que permite que E-Notebook sea compatible con el estudio químico. La nueva integración de Reaxys fue diseñada para poder usarse en cualquier E-Notebook que disponga de ChemDraw como complemento, por tanto, la búsqueda de Reaxys no está limitada a ningún flujo de trabajo específico.

Una vez que la consulta química se dibuja en el cuadro de ChemDraw se traduce en una notación química en línea (SMILES) que se transfiere a Reaxys mediante http de forma segura.

Figura 2. Muchas de las funciones de consulta mejoradas de ChemDraw se traducen a Reaxys, aquí una molécula con una longitud de cadena variable con un punto de conexión variable para el cloro.

Flujo de trabajo Reaxys / E-Notebook

Figura 3. Flujo de trabajo E-Notebook – Reaxys

La experiencia del usuario

El usuario puede seleccionar el apartado de “reacción” en el experimento y la “estructura” en bocetos a través de la ventana incrustada de ChemDraw. Una nueva herramienta en la opción de búsqueda abrirá un cuadro de diálogo de búsqueda de Reaxys.

Figura 4. El diálogo de búsqueda de Reaxys permite configurar las opciones de búsqueda de estructura.

Las opciones de búsqueda permiten buscar subestructuras o estructuras completas y pueden limitarse solo a productos o reactivos. Los resultados de búsqueda se pueden limitar a datos de patente o filtrar por datos de reacción (por ejemplo, rendimiento > x) o diversos datos de propiedades fisicoquímicas. Entre estos datos fisicoquímicos se encuentran el punto de fusión, punto de ebullición y la temperatura crítica.

La búsqueda conducirá directamente a la página web de Reaxys que mostrará la lista de resultados. De esta forma, todos los científicos tienen a su disposición la funcionalidad de Reaxys para la selección, clasificación y filtrado posterior de los resultados obtenidos.

Figura 5. Lista de resultados en Reaxys, la nueva integración con ELN permite transferir los resultados a E-Notebook.

Después de inspeccionar los resultados, el usuario tiene dos opciones diferentes para transferir esta información a E-Notebook. La selección múltiple de reacciones o estructuras químicas creando una nueva página de listas en E-Notebook con una vista previa de reacciones y enlaces en vivo para completar la información con Reaxys.

Figura 6. Lista de resultados con links de Reaxys en E-Notebook.

O la selección de una sola reacción que conducirá al usuario a una nueva sección de reacción en E-Notebook, rellenando de forma automática el esquema de reacción, los reactivos y la tabla de productos, transfiriendo las instrucciones de preparación.

Figura 7. Lista de resultados con links de Reaxys en E-Notebook.

Conclusiones

La nueva integración Reaxys / E-Notebook ayuda a los científicos a:

  • Acceder fácilmente a los datos de reacción y sustancias de múltiples fuentes.
  • Utilizar la función de dibujo químico dentro de E-Notebook para buscar en una base de datos en línea.
  • Evaluar y optimizar rutas sintéticas alternativas.
  • Exportar y compartir datos validados experimentalmente.
  • Ahorrar tiempo al no precisar, de nuevo, del dibujo de la reacción química ni la necesidad de reescribir los procedimientos de síntesis química.
  • Prevenir el riesgo de errores de transcripción.
  • Duplicar y modificar fácilmente las reacciones encontradas en Reaxys para escalar u optimizar procesos.
  • Minimizar el impacto ambiental al dejar de utilizar papel.

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