Trident

CARACTERÍSTICAS

• Interfaz Gráfica de Usuario: Única, completamente integrada y de fácil manejo. Permite acceder rápidamente a las herramientas para construir e importar modelos, consultar bases de datos, enviar trabajos de cálculo y visualizar los resultados.
  • Construcción de modelos: añadir y eliminar fragmentos, crear y romper enlaces, insertar fragmentos o moléculas a través de las galerías disponibles de elementos, tipos de enlaces, grupos funcionales, anillos, librerías de compuestos (personalizables) y sustituyentes. Asistente para el refinamiento de estructuras mediante mecánica molecular.
  • Representación de las moléculas: diversos estilos de visualización, enlaces de hidrógeno inter- e intramoleculares; biopolímeros con estructura secundaria mediante líneas, cintas o cuentas y coloreado por tipo de estructura, residuo o cadena; representación gráfica de descriptores de función química (identificando enlaces de hidrógeno, dadores y aceptores, centros ionizables positivos o negativos, anillos aromáticos, regiones hidrofóbicas…).
  • Bases de datos: búsqueda por estructura, subestructura, nombre y fórmula en la colección SMD (Spartan Molecular Database, registros de moléculas con nombre, estructura 3D, peso, área, volumen, superficie polar, LogP, energía en fase gaseosa, energía en fase acuosa, momento dipolar y número CAS); recuperación de ficheros PDB buscando via web en el Banco de Datos de Proteinas; acceso a datos cristalográficos de la base de datos CSD (Cambridge Structural Database, requiere licencia).
  • Además, en la interfaz gráfica de usuario puede extraerse la información sobre distancias interatómicas, ángulos y ángulos dihedros para cualquier sistema. Es posible también "congelar" átomos para mantener la geometría definida por el usuario durante los cálculos de estructura/propiedad.
• Métodos computacionales: Trident incluye una selección de métodos computacionales dirigidos a satisfacer las necesidades en química médica. Todos ellos son fácilmente accesibles a través de la interfaz gráfica de usuario.
  • Mecánica Molecular: para cálculos en moléculas de gran tamaño o búsqueda conformacional en moléculas con muchos grados de libertad. No hay límite en el número de átomos. Se incluye la opción de corrección por disolvente acuoso.
  • Modelos semiempíricos de orbitales moleculares: útiles para cálculos de geometrías en equilibrio o en los estados de transición. Los métodos incluyen la extensión de parámetros para compuestos de complejos inorgánicos de metales de transición y organometálicos.
  • Modelos Hartree-Fock de orbitales moleculares: métodos ampliamente documentado para cálculos de estructuras, energías y propiedades, en particular para moléculas orgánicas.
• Trabajos realizados por Trident: Además de calcular energías y geometrías, Trident determina diversas propiedades de gran interés:
  • Estructura/Propiedad: energía total y calor de formación (para estructuras iniciales y optimizadas), energía de solvatación en medio acuoso, energías HOMO y LUMO, cargas atómicas, momentos bipolares, polarizabilidades, hiperpolarizabilidades,…
  • Forma molecular: búsquedas conformacionales sistemáticas o de Monte-Carolo para determinar el "mejor confórmero" y los "confórmeros buenos", bien en medio acuoso o gaseoso; "librerias de conformeros" y optimización de geometrías.
  • Analisis de similitud: basada en átomos, en descriptores de función química o en farmacóforos.
  • Propiedades QSAR adicionales: peso molecular, área, volumen, grupo de simetría, superficie polar, logP, excentricidad, dureza y electronegatividad.
  • Propiedades gráficas: mapeado del potencial electrostático y del potencial de ionización sobre la superficie de densidad electrónica, valores mínimos y máximos, designación gráfica de regiones inaccesibles, área polar determinada por el potencial electrostático, área y volumen de densidad electrónica…

Al final de esta página puede acceder a información complementaria sobre las características de Trident a través del fichero pdf disponible para descarga.

SECTORES

Trident se ha diseñado para responder a las necesidades específicas del área de Química Médica. Incorpora herramientas avanzadas de modelado molecular para abordar las tareas relevantes en química médica, como construir y representar moléculas, alinear y contrastar diferentes tipos de modelos moleculares para revelar informaciones diversas, calcular la estructura, la forma y las propiedades moleculares y cuantificar la similitud molecular, entre otras. Gracias a su completa compatibilidad con Spartan, la aplicación emblemática de Wavefunction en modelado molecular, permite un intercambio fluido de datos entre químicos médicos y computacionales.

REQUISITOS

Trident está disponible para Windows 2000 y XP. Los requisitos técnicos mínimos para su instalación y uso son:

• Intel Pentium III, AMD Athlon
• 20 GB libre en el disco duro
• 512 MB RAM
• Tarjeta gráfica con resolución 1024 x 768

RECURSOS

• Características de Trident (pdf, 716 KB)