almaZen System © es la respuesta bioinformática al problema que supone la gestión de los miles de clones que se utilizan en la fabricación de un microarray. Usuarios expertos de arrays de DNA han desarrollado almaZen System © en estrecha colaboración con expertos en diseño y desarrollo de aplicaciones informáticas. Este sistema representa actualmente el único producto del mercado que integra la organización, gestión y análisis del gran número de muestras biológicas involucradas en un experimento típico de arrays de DNA.

almaZen System © está orientado al trabajo con placas multipocillo e incluye múltiples herramientas para almacenar, manipular y anotar información relevante sobre las secuencias que se…

almaZen AnaLogic© contiene el módulo de análisis de datos (AnaLogic) del producto almaZen System©, la solución bioinformática al problema que supone la gestión de los miles de clones que se utilizan en la fabricación de un microarray. almaZen AnaLogic© permite el análisis de experimentos comparativos con microarrays y el seguimiento de todo el proceso desde el microarray hasta las placas multipocillo originales.

  • Importa los datos de cuantificación desde prácticamente cualquier programa de análisis de imagen gracias a la herramienta AnaLogic para definir formatos de cuantificación.
  • Almacena las imágenes de los microarrays (formatos TIFF o JPG) en la base de datos de AnaLogic.
  • Extrae los genes relevantes de experimentos replicados…

almaZen Plates2Arrays© contiene los módulos de gestión de placas y de gestión de arrays (PlateLogic y ArrayLogic, respectivamente) del producto almaZen System©, la solución bioinformática al problema que supone la gestión de los miles de clones que se utilizan en la fabricación de un microarray.

El módulo PlateLogic importa los ficheros de texto de las placas permitiendo manipularlas como lo haría un robot manejador de líquidos, o simulando un pipeteo virtual. Almacena los protocolos utilizados en el proceso y simula todas las transformaciones realizadas, almacenando toda la información generada durante el proceso y permitiendo la conexión a bases de datos externas. Una de las ventajas del módulo es que reduce la dependencia de otras…

almaZen PlateLogic© contiene el módulo de gestión de placas (PlateLogic) del producto almaZen System©, la solución bioinformática al problema que supone la gestión de los miles de clones que se utilizan en la fabricación de un microarray. almaZen PlateLogic© almacena toda la información relacionada con las placas multipocillo y sus clones en una base de datos de acceso rápido y sencillo.

  • Está orientado al trabajo con placas multipocillo e incluye múltiples herramientas para almacenar, manipular y anotar información relevante.
  • Permite, de una forma sencilla y flexible, almacenar cualquier tipo de información sobre un clon.
  • Identifica cada pocillo de la placa y revisa todas las manipulaciones desde su entrada en el laboratorio…

Una serie de artículos sobre Redes de Aprendizaje y herramientas de cálculo han aparecido durante el 2004 en los números 65, 66, 67, 68 y 69 de la publicación Mundo Linux.

Entre las herramientas utilizadas para llevar a cabo el proyecto descrito en los artículos mencionados cabe destacar webMathematica. Es más, los artículos 65, 66 y 67 pueden servir de guía a las personas interesadas en montar redes de aprendizaje utilizando webMathematica (dadas las escasas referencias técnicas que existen sobre webMathematica en castellano). Entre otros temas se explica cómo montar un servidor basado en webMathematica, contenedor de servelets, Apache y servidor de Xfonts:

Biokmod es una caja de herramientas para resolver sistemas de ecuaciones diferenciales, ajuste de ecuaciones, convoluciones... aplicado a al modelado de sistemas biocinéticos lineales y no lineales con aplicaciones en farmacología, dosimetría interna y medicina nuclear entre otros campos.

Los modelos presentes en Biokmod han sido desarrollados con Mathematica y son ofrecidos a través del navegador web gracias a webMathematica. Para ello se ha contado con la colaboración de MolyPharma S.A. en el área de Medicina Nuclear y ENUSA Industrias Avanzadas en el área de la Energía Nuclear.

Remcom Inc. acaba de anunciar la disponibilidad de la versión 6.1 del software de simulación electromagnética XFDTD, que utiliza el método de las diferencias finitas en el dominio del tiempo.

La nueva versión del software incorpora grandes mejoras, entre las que destacamos:

  • Mallado adaptativo: refinamiento gradual de la malla para proporcionar más detalle únicamente donde es necesario.
  • Selección de caras y objetos basada en vistas
  • Barrido avanzado: las caras se pueden extrudir, revolver, o barrer a lo largo de caminos complejos.
  • Generación de capas: los objetos se pueden descascarillar generando capas del grosor deseado.
  • Edición con el ratón: Las herramientas de edición e interacción visual han sido mejoradas. Ahora los objetos se pueden…