Según el autor, Mathematica 5.0, la primera actualización completa de código en los últimos 4 años, persigue posicionarse en un área más amplia al segmento de mercado en el que ha crecido gracias al incremento de velocidad en el cálculo conseguido principalmente por la revisión del código del kernel numérico, la aplicación inteligente de métodos simbólicos en la preparación de problemas para optimizar el rendimiento antes de la manipulación numérica y la optimización del protocolo de comunicación entre los diferentes componentes (basado en TCP/IP) para aprovechar las características de cada plataforma.
Elementos secundarios, aunque no menos importantes, de esta nueva versión son:
- Incorporación de funciones estadísticas estándar en el kernel, mayor velocidad en la importación y exportación de datos almacenados en "arrays" y nuevas representaciones estadísticas como gráficos Pareto.
- Mejoras en aspectos del álgebra lineal numérica para matrices escasas y densas.
- Nuevas herramientas de documentación y "authoring".